Boa Tarde!
(desculpe pela tradução do Google!)
Como você vai ficar em Asakusa, você provavelmente vai precisar comprar alguns bilhetes do metrô para chegar de e para a estação mais próxima JR. Para os primeiros dias eu recomendo que você dê uma olhada no Passe Metro de Tóquio, que pode ser comprado na chegada em Haneda e lhe dará viagem de metro ilimitado para os primeiros dias de ¥ 490/day. Para o resto de suas estadias você pode ser melhor apenas comprar bilhetes de metro individuais conforme necessário.
Para viagens JR passe, vou assumir que você está usando como sua Ueno estação de JR como eu acho que tem as melhores conexões. Para o estádio de Toyota, você deve tentar chegar a JR Tozoji estação de Nagoya e depois mude para a linha de laço não-JR Aichi a Shin-Toyota estação. Para [Yokohama Stadium], você vai precisar de cabeça para estação JR Kannai.
Para o Monte Fuji eu assumi que você estará visitando Kawaguchiko. Para Kawaguchiko a passagem de JR irá levá-lo tão longe como estação Otsuki. A partir daí você vai precisar comprar bilhetes individuais na linha não-JR até Kawaguchiko si. Estes irão custar ¥ 1.100 cada maneira. Além disso, para a Disney você deve apontar para Maihama estação JR, a partir do qual você pode obter o comboio de ônibus da entrada do parque.
Aqui está o seu colapso viagem para referência:
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Haneda airport terminal 1 > Ueno: ¥630 (43mins, 23km, + non-JR)
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Ueno > Shintoyota: ¥11,090 (200mins, 405km, + non-JR)
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Shintoyota > Nagoya: ¥990 (59mins, 49km, + non-JR)
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Nagoya > Ueno: ¥12,480 (121mins, 369km)
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Ueno > Maihama: ¥290 (40mins, 16km)
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Maihama > Ueno: ¥290 (36mins, 16km)
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Ueno > Kawaguchiko: ¥3,770 (159mins, 115km, + non-JR)
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Kawaguchiko > Maihama: ¥4,040 (162mins, 124km, incl. non-JR)
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Maihama > Ueno: ¥290 (36mins, 16km)
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Ueno > Kannai: ¥620 (48mins, 35km)
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Kannai > Ueno: ¥620 (45mins, 35km)
Espero que isso ajude seus planos!